中國醫學科學院與北京協和醫學院實行院校合一的管理體制,自行審核博士學位授權和碩士學位授權的委托學位授予單位。非全日制研究生可分別授予醫學博士、理學博士(哲學博士)、醫理雙博士、工學博士、醫學碩士、理學碩士、工學碩士和管理學碩士等學位,授予博士學位人數位居全國醫學院校首位。